波黑宣布从南斯拉夫独立后,在1992年至1993年的18个月期间,莫斯塔尔都处在包围之中。南斯拉夫人民军(JNA)首次攻击莫斯塔尔是在1992年4月3日,之后逐渐占领了城市。1992年6月12日,克罗地亚国防委员会拥有了足以将JNA逐出莫斯塔尔的力量。JNA进行炮击作为报复,弗朗西斯科会修道院和天主教的大教堂,设有具5万册藏书的图书馆的主教宫殿和14座清真寺都被破坏。1992年6月中旬,克罗地亚将塞尔维亚正教会的修道院和正教圣三一教堂等19世纪中期以来的建筑物破坏。1991年11月18日,克罗地亚民主同盟在波黑的姊妹政党HDZ BiH宣布克罗地亚黑塞哥波斯尼亚共和国独立,宣称在政治、文化、经济、领土等各方面都从波黑分离。莫斯塔尔被分为东西两部份,西侧由克罗地亚势力控制,东侧由波黑共和国军队控制。1993年11月9日,由于两势力的对峙,克罗地亚势力一侧将莫斯塔尔老桥破壊。战争结束后,前南斯拉夫国际战犯法庭以反人道罪和破坏莫斯塔尔老桥等其他战争中的犯罪对克罗地亚黑塞哥波斯尼亚的领导者进行追诉。
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