蛋白质质谱鉴定

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单一蛋白质或者蛋白混合物的蛋白质谱鉴定/分析，以及对单一蛋白质的蛋白序列分析是生物学研究中经常遇到的问题。基于质谱法获取蛋白质序列的序列信息以及通过质谱法进行蛋白质质谱鉴定，蛋白质谱分析从而实现蛋白质鉴定，既protein identification，基于LC-MS的蛋白质谱鉴定。常见分析包括：质谱测定蛋白分子量，蛋白的N端和C端测序，蛋白质序列分析及，翻译后修饰位点分析等。
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百泰派克公司采用超高分辨率质谱技术，基于Thermo Fisher公司的Q Exactive质谱仪、LTQ Orbitrap Elite质谱仪、Orbitrap Fusion™ Lumos™ Tribrid™ 质谱仪，结合 Nano-LC液相色谱技术，能够对蛋白质提取物、SDS-PAGE蛋白条带、2D蛋白胶点、pull-down及co-IP等样品中的蛋白质进行高效精准的蛋白质谱鉴定服务。

百泰派克可提供以下蛋白质质谱鉴定服务：

1，对纯化蛋白进行蛋白质质谱分析/质谱鉴定；
2，对蛋白胶点，蛋白质胶条质谱鉴定，蛋白银染胶质谱鉴定，考染/荧光/Zn/Cu2+等类型染色的胶点/胶条样品进行鉴定；可参见：蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定服务
3，对pull-down蛋白质谱鉴定、IP蛋白互作的IP-MS互作蛋白鉴定、co-IP质谱验证互作蛋白，免疫共沉淀结合质谱验证，等简单混合物样品中的蛋白样品进行蛋白质鉴定/分析。
4，对复杂样品中的未知蛋白质进行蛋白质谱分析/蛋白质谱鉴定。即使是非常低浓度的蛋白样品也可能通过蛋白质谱鉴定
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对于单一蛋白质和简单蛋白混合物的鉴定，我们保证100%的鉴定率，否则不收任何费用。
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NanoLC-MS/MS分析简单或复杂混合物中的蛋白质质谱分析。样品可以是来自于SDS-PAGE凝胶中的条带或蛋白点，也可以是溶液样品。（我司也提供1D 或2D SDS-PAGE服务）
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百泰派克基于质谱的蛋白质质谱鉴定流程:

样品前处理
首先，用二硫苏糖醇（DTT）还原蛋白质样品，用碘乙酰胺（IAA）烷基化。然后用胰蛋白酶对样品进行消化，一般样品会在赖氨酸和精氨酸残基后发生断裂。最后，冻干得到多肽片段。
/ R, Y& D/ s  L. x2 |! h上机分析
2 l. v1 t( C5 v5 j* I将样品用NanoLC的A相重新溶解后上样，在NanoLC-MS/MS系统下分析。
; C  o: }- Q+ n数据库检索
; H, O1 |6 X. j3 S6 j根据样品物种来源从UniProt下载对应物种的蛋白质组数据库，使用MaxQuant、Proteome Discoverer、Peaks等软件将液质联用得到的数据与数据库中数据进行匹配，通过肽段的一级和二级碎片的质量在数据库中找到匹配的蛋白质，从而鉴定样品中的蛋白质。
如果样品的物种还没有完整的蛋白质组数据库，我们将使用亲缘较近物种的蛋白质组数据库或者是同种模式生物的蛋白质组数据库进行蛋白鉴定分析。
; i. p+ w3 U' d$ c* i: [: G出具报告
2 s! U; Y  L; P" b+ `鉴定报告中会包括详细的样品前处理步骤，色谱-质谱平台参数，以及鉴定得到的蛋白质列表和肽段列表。质谱原始数据会通过网盘形式提供。
6 ^3 X( b, r7 D9 V您只需把您的样品收集后提供给我们，后续所有步骤均由我们完成。百泰派克公司基于质谱的蛋白质质谱鉴定/质谱分析服务包括：样品前处理-蛋白还原烷基化后使用高度特异性的蛋白酶进行蛋白样品消化，获得多肽片段；上机分析-通过纳升级色谱（nano-flow）结合高分辨率质谱，在最高的灵敏度下对肽段进行分离并使用超高分辨率质谱仪采集肽段质谱数据；数据库检索-结合样品物种对应的蛋白质数据库对成千上万张质谱图进行分析（使用Uniprot数据库，每月更新一次数据库，以确保访问最新数据），从而实现样品中蛋白的蛋白质质谱鉴定；到最后出具样品报告，均由百泰派克公司一站式完成：
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& w! h6 m1 k: x% R9 O) k1. 客户提供了包含一种或多种蛋白质的样品，如胶条，胶带，溶液或固体样品，pull-down或co-IP样品。
2. 百泰派克公司根据样品情况，选择合适的酶，对来样进行蛋白酶消化，然后进行nanoLC-MS / MS分析。
, y* D" U& @& f+ ]( B3. 对获取的数据进行搜库分析。
4. 在10-15个工作日内收到报告。
7 a2 V! J: ]7 U* B9 u, o*如果您的样品中含有洗涤剂/裂解剂，请在送样单中注明。

相关服务：

蛋白分子量测定

蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

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非变性质谱分析（Native MS）

Pull-down靶蛋白质谱鉴定

多肽鉴定

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