洪堡大学是依据创校者洪堡“研究教学合一”的精神所创立的新学校，他也希望洪堡大学能成为“现代大学之母”（Mutter aller modernen Universitäten）。根据洪堡的理念，现代的大学应该是“知识的总和”（Universitas litterarum），教学与研究同时在大学内进行，而且学术自由，大学完全以知识及学术为最终的目的，而非实务的人才培育。洪堡认为大学兼有双重任务，一是对科学的探求，一是个性与道德的修养。他说的科学指纯科学，即哲学。而修养是人作为社会人应具有的素质，是个性全面发展的结果，它与专门的能力和技艺无关。根据纯科学的要求，大学的基本组织原则有二：寂寞和自由。寂寞意味着不为政治、经济社会利益所左右，与之保持距离，强调大学在管理和学术上的民主性。在洪堡看来，自由与寂寞是相互关联、依存的，没有寂寞（独立）就没有自由。大学全部的外在组织即以这两点为依据。
洪堡大学起初名为腓特烈·威廉大学（Friedrich-Wilhelm-Universität,1828年），在普鲁士国王腓特烈·威廉三世（Friedrich Wilhelm III）的支持下设立。成立初期共有4个学院，分别是法律、医学、哲学与神学，学校共有52名教师及256位学生，而哲学院的黑格尔、法学院的萨维尼、古典语言学家奥古斯特·柏克（August Boeckh）、医学院的胡费兰（Christoph Wilhelm Hufeland）及农学家特尔（Albrecht Daniel Thaer），则象征了当时洪堡大学各学院的精神。在过去的两个世纪，洪堡大学是德国最著名的思想家的诞生地，其中包括唯心主义哲学家费希特（Johann Gottlieb Fichte）；神学家弗里德里希·施莱尔马赫（Friedrich Schleiermacher）；哲学家黑格尔（G.W.F. Hegel）、叔本华（Arthur Schopenhauer）、弗雷德里希·谢林（Friedrich Schelling）、文化批评家瓦尔特·本雅明（Walter Benjamin）以及著名的物理学家阿尔伯特·爱因斯坦（Albert Einstein）和马克斯·普朗克（Max Planck）。马克思主义奠基人卡尔·马克思（Karl Max）和恩格斯（Friedrich Engels）也求学于洪堡大学。诗人海涅（Heinrich Heine）、德国统一首相俾斯麦（Otto von Bismarck）、德国共产党创建人卡尔·李卜克内西（Karl Liebknecht）、欧洲议会主席舒曼（Robert Schuman）都是该校毕业生。在过去的200年里，洪堡大学诞生了29位诺贝尔奖获得者。洪堡大学的办学模式为世界上的许多大学，如美国的约翰霍普金斯大学所效仿。
1938年的洪堡大学除了传统的学科，如科学、法律、哲学、历史、神学和医学，洪堡大学大力发展了许多其它新兴学科。在19世纪下半叶，洪堡大学的自然学科诞生了许多伟大的学者，如化学家霍夫曼（August Wilhelm Hofmann）；物理学家亥姆霍兹（Hermann von Helmholtz）；数学家库默尔（Ernst Eduard Kummer）、克罗内尔（Leopold Kronecker）、维尔斯特拉斯（Karl Weierstrass）；内科医生缪勒（Johannes Peter Müller）、冯葛雷（Albrecht von Graefe）、魏尔啸（Rudolf Virchow）、柯赫（Robert Koch）等。在这段迅速发展的时期，洪堡大学逐渐合并了柏林其它一些独立的学院，比如夏丽特（Charité）医学院等。洪堡大学从建校时起就开始进行自然博物馆的建设和藏品的搜集，至今，洪堡大学博物馆尤为著名。
两个“柏林大学”
在第二次世界大战之前，柏林只有一个“柏林大学”，而大学师生也很骄傲地以拉丁文“柏林大学”（Alma mater berolinensis）自称。
但1948年苏联占领东柏林后，原先柏林大学的部分师生为了追求学术自由而出走，在西方阵营的支持下又在西柏林成立了柏林自由大学，而原先名为腓特烈·威廉大学的柏林大学则于1949年改名为目前的柏林洪堡大学，以纪念大学的创始人、德国著名教育家洪堡兄弟。现今，国内外均将洪堡大学作为老柏林大学的继承者。
